در این آیین که آیت الله محمد تقی مصباح یزدی رئیس موسسه آموزسی پژوهشی امام خمینی (ره) حضور داشت، یاد و خاطره آن عالم ربانی گرامی داشته شد.
عضو خبرگان رهبری دراین مراسم با اشاره به جایگاه علمی آیت الله سید مصطفی خمینی اظهار داشت: آن مرحوم در زمینه علوم حوزوی مانند فقه، اصول و تفسیر مرد علم و اجتهاد و نظر بود.
آیت الله محسن اراکی بیان داشت: مرحوم حاج آقا مصطفی در موضوع های فقهی و اصولی نوشته‌ها و بحث‌های محققانه ای دارد و آنچه به قلم درآورده مفید و موثر می‌باشد.
وی آن مرحوم را در موضوع تفسیر قرآن کریم نیز دارای نظرهای فراوانی عنوان کرد و گفت: در موضوع حکمت نیز نوشته‌های خوبی دارد، و در مجموع تسلط او بر شعبه‌های مختلف علمی قابل توجه است.
آیت الله اراکی تصریح کرد: حوزه‌های علمیه باید راه سید مصطفی را همواره پیموده و از دستاوردهای علمی او استفاده کنند.
تولیت مسجد جمکران: سید مصطفی خمینی ساده زیست بود
تولیت مسجد مقدس جمکران نیز در این آیین عبودیت و روح معنوی حاکم بر وجود فرزند ارشد حضرت امام را مورد توجه قرار داد و گفت: او به حدی ساده زیست بود که مانند طلبه‌های نجف در خانه استیجاری زندگی می‌کرد، و برغم اینکه شرایط دسترسی به امکانات را داشت ولی حتی حاضر نبود یک خانه محقر را مالک شود.
حجت الاسلام و المسلمین محمد حسن رحیمیان با اشاره به نقش برجسته سید مصطفی خمینی در شکل‌گیری و تداوم نهضت انقلاب اسلامی گفت: از ابتدای نهضت تا زمان شهادت، نه به عنوان یک فرزند بلکه مانند یک سرباز در کنار حضرت امام بود و نقش آفرینی کرد.
تولیت جمکران همچنین پرهیز از دنیا طلبی و دوری از شهرت و آقازادگی را از ویژگی های بارز فرزند امام دانست و گفت: حوزه‌های علمیه باید این شخصیت را برای خود یک اسوه و الگو بدانند و راه او را ادامه دهند.
مدیر بنیاد تاریخ پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی نیز مرحوم مصطفی خمینی را مجاهد فی سبیل الله و یکی از ارکان حوزه های علمیه توصیف کرد و گفت: نکته دردآور این است که شخصیت‌هایی مانند حاج آقا مصطفی در زمان حیاتشان شناخته نمی‌شوند و درباره آنها یک بعدی فکر می‌شود.
حجت الاسلام و المسلمین سید حمید روحانی افزود: اینکه انسانهای بزرگ شناخته نمی شوند و فرصت از دست می رود ،یک فاجعه است.
وی سید مصطفی خمینی را انسانی متواضع و فروتن دانست و یادآور شد: خودسازی او بی نظیر بود، به نحوی که خود را یک طلبه حقیر می‌دانست، و همه طلبه‌ها با او رفتار دوستانه و صمیمانه داشتند.
وی ادامه داد: از نظر معنوی و تهذیب نفس بی نظیر بود و با طلبه ها حشر و نشر داشت و هرگز خود را برتر و بزرگتر از دیگران نمی‌دید.
رئیس بنیاد تاریخ پژوهی با اشاره به مقام علمی مصطفی خمینی گفت: این شخصیت بزرگ در همه ابعاد علوم اسلامی اعم از تفسیر، فقه، اصول و حتی ادبیات و شعر تبحر کامل و فوق العاده داشت و در عالی ترین درجه بود.
آیت الله سید مصطفی خمینی در 21 آذر 1309 خورشیدی در قم دیده به جهان گشود، و در 27 سالگی به درجه اجتهاد نایل آمد و در مدرسه حجتیه قم به تدریس اصول فقه و فلسفه مشغول شد
وی با آغاز نهضت انقلاب اسلامی در کنار امام خمینی(ره) پدر بزرگوار خویش، مبارزه علیه حکومت پهلوی را شدت بخشید و در پیشبرد آن نقش بسزایی داشت، مدتی بعد وی در پی اقدام های انقلابی خویش به وسیله عوامل رژیم دستگیر و به ترکیه و عراق تبعید شد.
سرانجام این فقیه پس از دورانی سراسر تلاش و مبارزه در یکم آبان 1356 در عراق به طرز مشکوکی به شهادت رسید.