عیسی کلانتری در خصوص حضورش در دادگاه اظهار داشت: آنها فکر کردند که به ساحت حضرت امام (ره) توهین شده اما اگر همه مصاحبه را گوش کنید به این نتیجه می رسید که چنین چیزی نبوده، این منطقی نیست تا از ۲۰ یا ۴۰ ثانیه یک مصاحبه دو ساعته نتیجه گیری شود.
هفته گذشته سخنان توهین آمیز عیسی کلانتری که یکی از مدعیان تقلید و پیروی از رهبر فقید انقلاب اسلامی است در فضای مجازی منتشر شد و ضمن اندوهگین ساختن دوستداران و یاران دور و نزدیک بنیانگذار جمهوری اسلامی، خوراک تمسخر و زیر سوال بردن آرمانها و اهداف هزاران مجاهد راه خدا توسط بوق های رسانه ای غرب و دشمنان و مخالفان قسم خورده نظام جمهوری اسلامی ایران را فراهم کرد؛ البته این اظهارات کلانتری بی پاسخ نماند.
آیت‌الله اسلامی نماینده مردم قزوین در مجلس خبرگان رهبری در واکنش به اظهارات اخیر عیسی کلانتری در مورد امام خمینی (س) گفت: من نمی‌دانم گوینده این سخن با خود چه فکر کرده است و خواسته چه مسئله‌ای را بیان کند، بزرگان شرق و غرب به امام (ره) احترام داشتند و همچنان ایشان را بزرگ‌ترین مبارز بشریت معرفی می‌کنند.
در پی اظهارات اخیر عیسی کلانتری رییس سازمان محیط زیست در مورد امام خمینی (س)، اصحاب رسانه استان قزوین طی بیانیه‌ای خواستار برخورد قاطع دستگاه قضا با او شده و همچنین از دولت خواستند تا وی را عزل کند.
عیسی کلانتری معاون رییس جمهور و رییس سازمان حفاظت محیط زیست ضمن بیان عذرخواهی، در خصوص اظهارات اخیرش در مورد امام خمینی (س) توضیحاتی ارائه کرد.
برخی رسانه ها و فعالان مجازی بجای آنکه پاسخ اظهارات گوینده مطلب را داده و از امام و انقلاب دفاع نمایند، در اقدامی هماهنگ و گسترده! چنان به بیت و موسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام (ره) حمله کرده اند، که گویی این سخنان را ایشان زده اند نه عیسی کلانتری!
پرگویی و سخنگویی یکی از آفات موجود در بین مسئولین ما است. به خصوص کسانی که بر مسند کاری بوده اند و دوربین هایی به سراغ اینها می رود و فکر می کنند چون دوربین به سراغ اینها رفته لزوما باید حرف بزنند و متأسفانه گاهی دیده می شود که بی تأمل هم حرف می زنند. چنین خطاهایی که می توانیم آقای کلانتری را نمونه اخیر آن بدانیم هم از زبان آنها صادر می شود.
آقای عیسی کلانتری در تحلیلی از اوضاع سال های آخر رژیم محمد رضا شاه پهلوی حضرت روح الله را فرزند ناخلف آمریکا دانسته اند؛ هنر و درک صحیح حضرت روح الله از اوضاع سیاسی داخل ایران و شرایط حاکم بر جهان را نمی توان به حساب آمریکا گذاشت و کمال بی انصافی و نادانی است که بخواهیم آمریکا را در این پیروزی انقلاب و سقوط شاه، شریک حضرت امام قرار دهیم و این تعبیر زشت و ناصحیح را بکار ببریم.