عیسی کلانتری در خصوص حضورش در دادگاه اظهار داشت: آنها فکر کردند که به ساحت حضرت امام (ره) توهین شده اما اگر همه مصاحبه را گوش کنید به این نتیجه می رسید که چنین چیزی نبوده، این منطقی نیست تا از ۲۰ یا ۴۰ ثانیه یک مصاحبه دو ساعته نتیجه گیری شود.
هفته گذشته سخنان توهین آمیز عیسی کلانتری که یکی از مدعیان تقلید و پیروی از رهبر فقید انقلاب اسلامی است در فضای مجازی منتشر شد و ضمن اندوهگین ساختن دوستداران و یاران دور و نزدیک بنیانگذار جمهوری اسلامی، خوراک تمسخر و زیر سوال بردن آرمانها و اهداف هزاران مجاهد راه خدا توسط بوق های رسانه ای غرب و دشمنان و مخالفان قسم خورده نظام جمهوری اسلامی ایران را فراهم کرد؛ البته این اظهارات کلانتری بی پاسخ نماند.
آیت‌الله اسلامی نماینده مردم قزوین در مجلس خبرگان رهبری در واکنش به اظهارات اخیر عیسی کلانتری در مورد امام خمینی (س) گفت: من نمی‌دانم گوینده این سخن با خود چه فکر کرده است و خواسته چه مسئله‌ای را بیان کند، بزرگان شرق و غرب به امام (ره) احترام داشتند و همچنان ایشان را بزرگ‌ترین مبارز بشریت معرفی می‌کنند.
امام خمینی را نه تنها ملت ایران بلکه بخش وسیعی از مسلمانان و بسیاری از دیگر ملتهای جهان به عنوان سمبل رهبری موفق دینی و نماد مقاومت در برابر سلطه طلبی غرب و آمریکا می شناسند. امام خمینی فرزند خلف اسلام ناب محمدی (ص)، میراث دار انبیا و اولیای الهی و صدای رسای حق طلبی و استقلال خواهی ملت بزرگ ایران است. متأسفانه تعبیر بسیار ناروایی که آقای کلانتری در باره این شخضیت الهی بکار برده است، صرف نظر از اینکه گوینده چنین قصدی نداشته است، توهین و اسائه ادب به ساحت امام است.
برخی رسانه ها و فعالان مجازی بجای آنکه پاسخ اظهارات گوینده مطلب را داده و از امام و انقلاب دفاع نمایند، در اقدامی هماهنگ و گسترده! چنان به بیت و موسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام (ره) حمله کرده اند، که گویی این سخنان را ایشان زده اند نه عیسی کلانتری!