سردار رمضان شریف سخنگوی سپاه با بیان اینکه ترور یک دانشمند در خیابان آن هم با دستگاه ماهواره‌ای نمی‌تواند امنیت ما را خدشه‌دار کند، تاکید کرد: «در عین حال اگر در جایی اشراف اطلاعاتی ما مشکل دارد، باید آن را جبران کنیم.»
وزارت خارجه روسیه قویاً ترور محسن فخری زاده، دانشمند ایرانی را محکوم کرد و تاکید کرد: «این اقدام با هدف ایجاد بی‌ثباتی در منطقه انجام گرفت».
در پی ترور دانشمند برجسته ایرانی، رژیم صهیونیستی از ترس انتقام جویی ایران به شهروندانش هشدار داد.
وزارت اطلاعات اعلام کرد که با اقدامات اطلاعاتی سربازان گمنام امام زمان (عج) سرنخ‌هایی از عاملان ترور شهید فخری‌زاده بدست آمده است.
رییس مجلس شورای اسلامی تاکید کرد: اقدام ما مقابل خطای دشمن جنایت‌کار باید علاوه بر بازدارندگی انتقام خون شهید فخری زاده را نیز بگیرد. بنابراین وظیفه همه قوا سازمان‌ها و نهادهای مربوطه است تهدید این ضایعه اسفناک را به فرصتی برای قوی شدن در عرصه های مختلف امنیتی دفاعی و هسته‌ای تبدیل کنند.
سخنگوی دبیرکل سازمان ملل متحد با تاکید بر اینکه ما ترور را محکوم می‌کنیم ادامه داد: ما همچنین خواستار خویشتنداری و لزوم جلوگیری از هر اقدامی که به تشدید تنش در منطقه منجر شود، هستیم.
علی ربیعی نوشت: معتقدم هدف از ترور شهید فخری‌زاده، همه آحاد جامعه و آینده ایران است. آنها خواستند با حذف ناجوانمردانه یکی از مفاخر علمی و دفاعی کشور، مسیر ایران را تغییر دهند. این راه اما با هوشمندی مردم و مسئولان و هوشیاری نهادهای تصمیم‌گیر محقق نخواهد شد. البته این ترور یقیناً بی‌پاسخ نخواهد ماند اما نه در آن زمانی که آنها می‌خواهند و نه به شیوه و در جایی که انتظارش را می‌کشند. زمین و زمان بازی را ایران تعیین می‌کند.
سخنگوی حزب کارگزاران با اشاره به ترور شهید فخری زاده، تاکید کرد: ما باید کاملا متوجه عصبانیت و ناراحتی صهیونیست ها باشیم. شرایط منطقه ای در حال تغییر است که خوشایند رژیم صهیونیستی نیست.
روزنامه جوان نوشت: نام فخری‌زاده از طریق لیست سازمان ملل در اختیار موساد قرار گرفته بود. وی در این لیست تحت عنوان «دانشمند ارشد وزارت دفاع و پشتیبانی نیرو‌های مسلح و رئیس پیشین مرکز تحقیقاتی فیزیک (PHRC)» معرفی شده بود. محسن فخری‌زاده تنها دانشمند ایرانی بود که «بنیامین نتانیاهو» نخست‌وزیر رژیم صهیونیستی نام او را مستقیماً در شو تبلیغاتی دو سال پیش خود به زبان آورده است.
قالیباف رییس مجلس شورای اسلامی ضمن تبریک و تسلیت به مناسبت شهادت فخری زاده، گفت: «نهادهای امنیتی عوامل حادثه تروریستی اخیر را شناسایی کنند».