در یازدهم بهمن ماه سال ۶۵ در حالی که حدود سه هفته از شروع عملیات کربلای پنج می گذشت، امام خمینی در نامه ای خطاب به روسای جمهور و مجلس وقت آقایان خامنه ای و هاشمی موارد مهمی را درباره این عملیات متذکر شدند.
امام خمینی در بیست و هشتم اسفند ماه سال 66 نامه ای خطاب به آیت الله خامنه ای نوشتند.
امام خمینی در نهم دی ماه سال ۶۲ حکمی خطاب به آیت الله خامنه‌ای صادر کردند.
حاج قاسم نظیفی، صاحب انتشارات اسلامی به روایتی متفاوت از چاپ کتاب های ممنوعه و حکم امام و... پرداخته است.
امام خمینی در تاریخ پانزدهم تیر ماه سال ۶۵ به مناسبت رحلت پدر آیت الله خامنه ای، پیامی خطاب به ایشان صادر کردند.
امام خمینی در هفتم تیرماه سال ۶۰ به مناسبت ترور نافرجام آیت الله خامنه ای پیامی خطاب به ایشان صادر کردند.
امام خمینی در حکمی خطاب به آیت الله خامنه ای فرمانده نیروی دریایی ارتش جمهوری‌اسلامی ایران را منصوب کرد.
غلامعلی پیچک، فرمانده ای که نه تنها قله های سخت را فتح کرده بود که بر دل ها نیز حکومت می کرد.
در بخشی از سخنان آیت الله خامنه ای آمده است: ایشان اگر نگوییم بهترینِ شاگردان، جزء بهترین شاگردان درس امام(س) بود، و در عین حال خود یک مدرس معروف بود و فلسفه و فقه درس می داد. او به عنوان یک چهرۀ برجسته در میان طلاب، فضلا و مدرسین حوزه، معروف بود.
ای کاش برنامه ریزان اجازه دهند مردم از این حرفهای آقا که من و هم نسلان من بخصوص اگر مشهدی باشند خاطرات زیادی دارند و همه شهادت می دهند که واقعیت ِ ذاتی ایشان است، و نیز از حضور ایشان در جاهای مختلف و حالت های غیر رسمی تر بیشتر ببینند و بشنوند.