علاقه میان امام و سید علی آقا خمینی علاقه ای عمیق بود طوری که امام دل به دل او می دادند و با وجود سن بالایشان با او بازی می کردند اما روزهای آخر دیگر او را نپذیرفتند.
به گزارش خبرنگار جماران، مرحوم حجت الاسلام و المسلمین سید احمد آقا خمینی در خاطره ای که مربوط به روزهای آخر حیات امام خمینی (س) است، از رابطه میان ایشان و فرزند خود سید علی آقا خمینی گفته که نکته مهمی را در بردارد. متن این خاطره در ادامه آمده است:
آقا، علی[1] را خیلی دوست داشتند، علی هم حضرت امام را خیلی دوست داشت. اما چیزی که این روزهای آخر اتّفاق افتاد که واقعا برای همه ما تعجب آور بود، این بود که آقا می گفتند: علی پیش من نیاید: ما همین طور مانده بودیم که یعنی چه؟ بعد من دیدم که امام در چهل حدیث این مساله را دارد که کسانی که می خواهند بمیرند، در آن لحظات آخر، شیطان آن کسی را که از همه بیشتر مورد مهر و علاقه اوست، مقابل روی او قرار می دهد تا مانع از این شود که فرد با یاد خدا از دنیا برود. حتی برای بزرگ ترین اولیا هم ـ غیر از ائمه(ع) ـ این معنی وجود دارد و امام برای اینکه نکند چنین مساله ای برایش اتفاق بیفتد، علی را که خیلی دوست داشتند، در آن اتاق راه نمی دادند.
1. حجت الاسلام و المسلمین سید علی خمینی، فرزند حاج احمد آقا و نوه امام خمینی(س)
برشی از کتاب فصل صبر، ص 21