رژیم بعث عراق که همکاری نزدیکی با رژیم شاه در آزار و اذیت امام داشت، روزهای آخر حضور امام در نجف بر محدودیت های امام افزود. ساواک که در همه سال ها رفتار امام را زیر نظر داشت، این ایام بر شدت خبرگیری های خود افزوده بود که اسناد به جا مانده مؤید این مدعاست.
به گزارش خبرنگار جماران، ساواک که در همه سال های تبعید امام خمینی (س) به ترکیه و سپس عراق، هیچ وقت بیکار ننشسته بود و رفتار و عملکرد ایشان را زیر نظر داشت و مامورانش مشغول رصد امام بودند، در آخرین روزهای حضور ایشان در عراق نیز بر شدت این پیگیری ها افزوده و سندی که در تاریخ مهر ماه سال 57 منتشر شده گویای این مطلب است که چه میزان این رفتار رژیم بعث عراق با امام برایشان حائز اهمیت بوده و با دم خود گردو می شکستند. در متن این سند آمده:
«دولت عراق به آیت الله خمینی ابلاغ کرده می بایستی خاک عراق را ظرف چند روز آینده ترک نماید و به دنبال آن تعدادی از نیروهای خود را در اطراف منزل خمینی متمرکز و اجازه رفت و آمد به منزل وی را نمی دهد. لذا آقای خمینی با دولت سوریه تماس و از کشور مزبور تقاضای اقامت نموده ولی دولت سوریه هم حاضر نشده به وی اجازه ورود به سوریه را بدهد لذا خمینی در نظر دارد به یکی از کشورهای اروپایی مسافرت و در اروپا اقامت نماید.
نظریه شنبه: شایع شدن خبر مزبور احتمالاً اعتصاباتی را در اعتراض به دولت عراق در کشور پیش خواهد آورد.
سه شنبه: تعیین صحت و یا سقم خبر بستگی به اطلاعات مرکز دارد.
گیرندگان خبر: 342 جهت ضبط در محصول منبع
از نمایندگی عراق سؤال شود. ثابتی 4/7/57
جهت اجرای امریه به استحضار ریاست اداره سوم عملیات و بررسی (بخش 334) برسد.
رئیس اداره یکم عملیات و بررسی
دبیری
4/7/57»
در سند دیگری که به تاریخ ششم مهر ماه 57 صادر شده آمده:
«روز 6/7/57(2537 شاهنشاهی) آیات الله سید کاظم شریعتمداری و سید محمد رضا گلپایگانی تلگراف هایی به عنوان روح الله خمینی به نجف مخابره و طی این تلگراف ها ضمن اظهار تاسف از ایجاد محدودیت برای خمینی، از وی (خمینی) خواسته اند که از سلامتی خود، آیات مذکور را آگاه سازد.»
در این روز همچنین ساواک در سند دیگری به مقاله گاردین درباره ایران اشاره کرده و نوشته:
«لندن ـ خبرگزاری پارس ـ 6/7/1357
روزنامه گاردین در شماره امروز خود مقاله مفصلی تحت عنوان «عراق از ساکت کردن مخالفان شاه پشتیبانی می کند، به قلم لیز تور گود» خبرنگار اخراجی روزنامه از ایران چاپ کرده است.
این مقاله که با عکس کوچکی از آیت الله شریعتمداری و عکس بزرگی از آیت الله خمینی همراه است پس از شرحی به عنوان تحت نظر بودن خمینی در نجف توسط ماموران عراقی و جریان تحویل یک نفر متهم به شرکت در حادثه آتش سوزی سینما رکس به ایران توسط دولت عراق گفته شده که روابط ایران و عراق از سال 1975 که شاه حمایت خود را از کردهایی که به خاطر استقلال خود از شمال عراق می جنگیدند دریغ کرد به طور مداوم رو به بهبود است و اضافه شده که گرفتاری های خمینی فقط از حوادثی است که اخیرا برای روحانیون با نفوذ ایران در پیش آمده است و به دنبال این مقدمه تاریخچه نسبتا مفصلی درباره ناپدید شدن ملا موسی صدر رهبر شیعیان لبنان، مرگ دکتر علی شریعتی که قبل از حمله قلبی در انگلیس به علت ایراد نطق آتشین علیه شاه در تهران مدتی زندانی شده بود.
مرگ یکی از فرزندان خمینی که گفته می شود در عراق مورد اصابت گلوله قرار گرفته بود (در اینجا نویسنده مقاله می افزاید که خمینی از سرزنش کردن مستقیم ماموران شاه ایران احتراز کرده ولی بسیاری از پیروانش ماموران امنیتی را مسئول مرگ فرزند وی می دانند) کشته شدن حدود 70 نفر از طلاب در ماه ژانویه در شهر قم و کشته شدن تعداد دیگری که در شب چهلم آنان که به عقیده بسیاری تعمدی و برای تحریک مردم بوده، تبعید عده ای از روحانیون طغیانگر و از جمله برادر خمینی به دهات کوچک چاپ شده است.
در پرونده سید مهدی گلپایگانی به کلاسه 81075 بایگانی شود. روحانی 12/7/57»
سند دیگری که مربوط به تبریز است گویای خیزش عظیم مردم ایران در مخالفت با محدودیت های و محاصره منزل امام در نجف است. در این سند آمده:
تاریخ: 7/7/57
به: 312
از: تبریز
عطف به شماره 312/7543ـ 6/7/57
روز شنبه مورخه 8/7/57 تعطیل بازار تبریز (به علت مخاصره شدن منزل خمینی در نجف قطعی می باشد) و به احتمال قوی مغازه های خیابان ها نیز تعطیل خواهد شد در این زمینه محمد علی قاضی طباطبایی فعالیت گسترده ای می نماید.
افشانی
گوینده: لاهوتی
گیرنده: منافی
ساعت 16/10 تاریخ 7/7/57
در بولتن درج شود. ثابتی 7/7/57»
چند روز بعد یعنی پس از ممانعت دولت کویت از حضور امام در خاک آن کشور و تصمیم امام بر انتخاب پاریس و سپس راهی شدن ایشان به آنجا، ساواک گویا که از خواب خرگوشی بیدار شده و از این تصمیم امام غافلگیر شد. آنان گمان می کردند ایشان به لیبی یا الجزایر یا یکی دیگر از کشورهای اسلامی می رود؛ از این رو محمدرضا پهلوی در پیام تبریکی به وزیر امور خارجه ایران که برای شرکت در اجلاسیه مجمع عمومی سازمان ملل در نیویورک بود، دربارهٔ مذاکره موفقیت آمیزش با همتایان عراقی اش دربارهٔ خروج امام خمینی (س) از عراق ابراز رضایت کرد. تحلیل رژیم پهلوی این بود که با دور شدن امام خمینی (س) از مرزهای ایران، فرصتی برای تأثیرگذاری نخواهد داشت؛ در حالی که ایشان پس از ورود به فرانسه، به چهره محبوب رسانه های غربی تبدیل شد و ارتباطش با ایران به مراتب گسترده تر از گذشته شد.