از نظر اخلاقی برای حاج آقا مصطفی ویژگیهای زیادی می‏توان برشمرد از قبیل خوش‌خلقی، خونسردی، ساده‏زیستی، صراحت لهجه، نفوذناپذیری، زهد، صفای باطن، خودساختگی، استقلال رأی و مواردی از این قبیل؛ اما برجسته‏ترین ویژگی وی؛ یعنی آقازادگی، قابل بررسی می‏باشد.

الف) آقازادگی

حاج آقا مصطفی برخلاف اینکه فرزند شخصیتی همچون امام خمینی(س) بود و می‏توانست از این موقعیت بهره برداری زیادی بکند؛ اما هیچ وقت تلاش نکرد به عنوان یک آقازاده، تعیین‏کنندۀ سیاست و جریانات در کنار امام(س) باشد، بلکه کوشید که هم امام به عنوان یک شخصیت مستقل صاحب تفکر با خط مشی خاص، در میان دیگران جلوه کنند و هم اینکه نخواست خودش یک شخصیت تبعی و پیرو داشته باشد. حجت‏الاسلام دعایی که سالها از نزدیک، شاهد و ناظر اخلاق و رفتار سید مصطفی بوده، در این زمینه می‏گوید:

ایشان همیشه از آقازادگی و دارا بودن یک شخصیت وابسته و اینکه به دلیل فرزند
کسی بودن، مورد احترام قرار گیرد، نفرت داشت؛ البته این به معنای عدم درک وی از موقعیت و برخورداری او از وجود چنان پدری نبود، بلکه به دلیل همان درک مستقل و داشتن یک شخصیت اصیل برای خود بود. انسان خودساخته و نمونه‏ای بود که می‏خواست به عنوان آنچه هست مطرح باشد و نه دربارۀ وابستگیها و انتسابات. و البته این، دلیل بر نزدیک شدن این فرد به کمال می‏باشد. این رفتار دقیقاً در همان رابطه ظریفی بود که امام(س) هم هیچ گاه اجازه نمی‏دادند که مسائل خانوادگی و عاطفی در امور مبارزاتی و یا مسائل حوزه و اجتماع روحانیت دخیل شود. امام(س) از ابتدا کوشیده بودند که فرزندشان تافتۀ جدا بافته‏ای در حوزه نبوده، مانند دیگران مطرح شود و البته این شیوۀ تربیت، باعث شده بود که آن مرحوم بتواند در یک جوّ غیروابسته در حوزۀ علمیه، خود را ساخته، به خاطر لیاقت و پشتکار خود به آن مقام مستقل علمی برسد.[1]

آیت‏اللّه‏ موسوی بجنوردی نیز در این باره می‏گوید:

بعضی از آقازاده‏ها برای خود تعیّنات و تشریفات بسیاری قائل بودند؛ چون متأسفانه در این اواخر سیستم روحانیت اینطور شده بود که آقازادگی مساوی بود با اینکه از سواد و عملیات تا حدودی بیگانه است و در نجف ضرب المثل بود و می‏گفتند: «آقازاده‏ای که با فضل است، حاج آقا مصطفی است»؛ یعنی کم بود که آقازاده باشد و فاضل و با سواد هم باشد؛ چون معمولاً در دستگاه پدر می‏رفتند و در تشکیلات ریاست و تعیّنات و برو و بیا غرق می‏شدند و اینها با درس خواندن جور در نمی‏آمد... ایشان پشت سر خود، کسی را راه نمی‏انداخت و تنها می‏آمد، هر جا می‏شد، می‏نشست و جلوی هر کس بلند می‏شد، حتی بچه طلبه هم که می‏آمد، برای او بلند می‏شد و احترام می‏کرد.[2]

همۀ صاحبنظران و آنهایی که از نزدیک حاج آقا مصطفی را می‏شناختند در این موضوع اشتراک نظر دارند که ایشان برای کسب شخصیت، خود را متصل به پدرش نکرد، بلکه از خود شخصیتی مستقل ساخت.[3]

ب) ساده‏زیستی و تواضع

سید مصطفی خمینی با تأثیرپذیری از پدر بزرگوارش، ساده زیستی را در همۀ ادوار زندگی‏اش روش پایدار و الگوی زندگی خود قرار داد. در طول حیات وی ساده‏زیستی و بی پیرایگی در جوانب مختلف زندگی ایشان آشکارا به چشم می‏خورد و همۀ افرادی که با زندگی وی آشنایی دارند، این موضوع را تأیید می‏کنند. او بر خلاف بسیاری از آقازاده‏ها پرتوقّع نبود و خود را مانند دیگر طلبه‏ها تلقّی می‏کرد و زندگی خانوادگی و معیشتی‏اش نیز متفاوت از آنها نبود. فریده مصطفوی، خواهر سید مصطفی، در این باره چنین می‏گوید:

پیش از سال 1342، یک زندگی معمولی طلبگی داشت. پس از اینکه به ترکیه تبعید شد، امکانات بیشتری برایش فراهم شد؛ ولی با این حال، زیّ طلبگی خود را فراموش نکرد. در نجف، در یک منزل 45 متری در محله‏ای به نام حویش[4]که فاصلۀ کمی با منزل امام(س) داشت، زندگی می‏کرد...از دنیا بریده بود و به دنبال توسعۀ آن نبود. اصولاً روی مادیات هیچ حسابی نمی‏کرد. در خرج کردن وقتی هم پولی به دستش می‏رسید، دقت می‏کرد و سخت می‏گرفت.[5]

آیت‏اللّه‏ فاضل موحدی لنکرانی نیز در تأیید مطالب مذکور می‏گوید:

شهید مصطفی خمینی چه در دوران قبل از شروع مبارزۀ پدر بزرگوارش و چه در دوران شروع مبارزه، چه در ایران و چه در موقعی که در نجف زندگی می‏کردند، در تمامی این دوره‏ها، با ایشان بودیم، زندگی داخلی ایشان در یک سطح بسیار بسیط و عادی بود، زندگی ایشان در تمامی این ایام اصلاً از صورت یک طلبۀ عادی متوسط خارج نمی‏شد و این به خاطر این بود که ایشان به آنگونه زندگیها هیچ دلبستگی نداشت. آنکه مورد علاقه ایشان بود، یکی؛ مسألۀ جهات علمی و یکی هم؛ مسائل مربوط به مبارزه بود. در غیر این دو مسأله، هیچ فکر نمی‏کرد و نمی‏اندیشید.[6]

یکی از مستندات مهمی که در زمینۀ ساده‏زیستی و عدم توجه سید مصطفی به
جمع‏آوری مال و ثروت و پرداختن به تجمل می‏باشد: وصیتنامۀ ایشان می‏باشد. در وصیتنامه‏اش از اموال دنیا فقط کتابهایش را برمی‏شمارد و در مورد آنها نیز احتیاط می‏کند و یادآور می‏شود که آنها نیز از وجوه شرعیه خریداری شده‏اند و اگر فرزندش، حسین، علوم قدیمه را تحصیل نکند، بهتر است آنها را به کتابخانۀ مدرسۀ آیت‏اللّه‏ بروجردی در نجف تحویل دهند.

... جمیع کتابهای خود را در اختیار حسین قرار می‏دهم به شرط آنکه تحصیل علوم قدیمه کند و در غیر این صورت به کتابخانۀ مدرسۀ آقای بروجردی در نجف اشرف تحویل دهند؛ چه آنکه نوعاً از وجوه، تحصیل شده و خلاف احتیاط آن است که ارث برده شود. چیز دیگری ندارم مگر بعضی مختصر است، آن هم دیگر احتیاج به گفتار ندارد...[7]