عضو شورای عالی حوزه های علمیه با بیان این که آیت الله شرعی در نهضت امام و پیروزی انقلاب اسلامی نقش بسیار خوب و جدی داشت، گفت: ایشان در برخی از مراحل نهضت و انقلاب موتور حرکت جریان انقلاب بوده و پس از پیروزی انقلاب نیز این گونه بودند.
رییس دفتر رییس جمهور در پیامی درگذشت عالم مجاهد آیت‌الله محمدعلی شرعی را تسلیت گفت و برای آن مرحوم، رحمت واسعه الهی و برای بازماندگان، صبر و اجر مسالت کرد.
آیت‌الله مکارم شیرازى با صدور پیامی درگذشت آیت‌الله شرعی را تسلیت گفت و بیان کرد: آن فقید سعید در برابر منکرات بسیار حساس بود و در مبارزه با مفاسد اخلاقى و شرعى هیچگاه کوتاهى نمى‌کرد. به گزارش خبرگزاری فارس از قم، در پیام آیت الله مکارم شیرازی آمده است: با نهایت تأسف خبر فقدان عالم ربانى حجة الاسلام والمسلمین حاج شیخ محمد علی شرعی(رحمة الله علیه) را دریافت داشتیم. آن فقید سعید از پیشگامان انقلاب و عضو فعال جامعه مدرسین و از افراد بسیار پرتلاش بود و در راه انقلاب، لحظه‌اى از تلاش باز نمى‌ایستاد و دلسوزانه و پیوسته در فکر پیشرفت انقلاب اسلامى بود. در این پیام تصریح شده است: آن فقید سعید در برابر منکرات بسیار حساس بود و در مبارزه با مفاسد اخلاقى و شرعى هیچ گاه کوتاهى نمى‌کرد. به همین دلیل مرحوم آقاى شرعى اصرار بر تأسیس دانشکده پزشکى مخصوص خواهران داشت و موفق به انجام آن شد، هرچند مدتى بعد مخالفان بر سر راه آن موانعى ایجاد کردند. در این پیام آمده است: اینجانب این فقدان اسفناک را به جامعه محترم مدرسین و همه دوستان و علاقمندان ایشان مخصوصاً بیت شریفشان صمیمانه تسلیت عرض مى‌کنم و علو درجات براى آن مرحوم و صبر جمیل و اجر جزیل برای همه بازماندگان، به ویژه فرزندان محترم ایشان از درگاه خدا خواستارم.