علاقه میان مرحوم هاشمی رفسنجانی و امام، علاقه میان مرید و مراد بود. هر روز پیش از عزیمت به محل کار اول راهی بیمارستان می شد و امام را می دید. آن روز، روز پنجم خرداد 68 امام با اشاره چشم، رفتن او را متوقف کرد.
به گزارش خبرنگار جماران، دوم خرداد ماه سال 68 با تشخیص پزشکان، امام خمینی (س) مورد عمل جراحی قرار گرفتند. عملی که رضایت پزشکان را به دنبال داشت. مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی علاوه بر اینکه یکی از سران سه قوه به حساب می آمدند، به علت قرابتی که با امام داشتند نیز هر روز به ایشان سر می زد. او که عادت به روزنوشت داشت، در خاطرات روز پنجم خرداد ماه سال 68، دیدار با امام را اینگونه وصف کرده است:
30/10 شب به بیمارستان رفتم و امام را زیارت کردم. گفتند حالشان رو به بهبودی است. قرار شد حال امام را که رو به بهبودی است، به مردم و مسئولان برسانم و تشکر کنم. این بار موقع خداحافظی با اشاره چشم امام توقف کردم و کنار تخت ایستادم با صدای ضعیف و شمرده فرمودند تا من زنده ام بازنگری قانون اساسی را تکمیل کنید. پیشرفت کار انقلاب به اتحاد شماها بسته است. خصوصاً اتحاد شما و آقای خامنه ای. احساس کردم صدایشان به زحمت بیرون می آید. اشکهایم ریخت.
برشی از کتاب امام خمینی (س) به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانی؛ ص 421
