سید مصطفی، اولین فرزند امام خمینی(س)، در 21 آذر 1309 ه‌. ش. مطابق با 21 رجب 1349‌ه‌. ق. دیده به جهان گشود. در زمان تولد وی، خانواده امام خمینی(س) در یک خانۀ اجاره‏ای در محله الوندیه نزدیک محله عشقعلی در قم زندگی می‏کردند. والده ایشان خانم خدیجه ثقفی در مورد چگونگی انتخاب اسم برای اولین فرزندشان می‏گوید:

من خیلی دوست داشتم که نامش مصطفی باشد و نمی‏دانم آقا[امام خمینی]چه دوست داشتند؛ ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است، بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را محمد گذاشتیم، لقبش را مصطفی و کنیه‏اش را ابوالحسن گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول(ص) نشود.[1]

امام خمینی(س) برای زنده نگهداشتن یاد و خاطرۀ پدرشان حاج سید مصطفی که به دست خوانین خمین کشته شده بود، برای خود نام خانوادگی مصطفوی و برای اولین فرزندش نام سید مصطفی را برگزیدند.

سید مصطفی دیرتر از حدّ معمول زبان باز کرد. به طوری که تا چهار سالگی فقط چند کلمه را می‏توانست بگوید؛ اما دیری نگذشت، او را به مکتبخانه‏ای در نزدیکی منزلشان گذاشتند و این اقدام تأثیر زیادی در حرف زدن وی بر جای گذاشت و نگرانی موجود در این زمینه رفع شد.[2]او دوران کودکی را در دامان مادری با تقوا و پدری عالم و فرزانه پشت سر گذاشت. بهره‏مندی از چنین خانواده‏ای و رشد و پرورش در چنان محیط مذهبی و آکنده از معنویت، در شکل‏گیری شخصیت مذهبی، علمی و اسلامی سید
مصطفی و شکوفایی استعداد و نبوغ وی در زمانی که جامعه دچار بیسوادی و مسائل و مشکلات فرهنگی و اجتماعی عدیده‏ای بود، نقش شایانی داشت. شاید جرأت، جسارت و شجاعت وی که توسط برخی ناظران به عنوان خاطره ذکر شده، متأثر از چنین تربیتی بوده است.

امام خمینی(س) از سنین کودکی تا جوانی و حتی بعد از آن بر تحصیل، رفت و آمدها و دوستان سید مصطفی نظارت دقیق داشتند. امام خمینی(س) به دو موضوع نظم و جدیّت در سید مصطفی، بویژه در تحصیل، تأکید خاصی داشتند.[3]