حضرت حجةالاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینی – رض – پس از تحقیق و مشورت با حضرت امام و دیگر اعضای خانواده در تاریخ 11/7/1348 با دختر فاضله حضرت آیة‌الله سلطانی طباطبایی که از خاندانهای شریف و محترم روحانیت در قم می‌باشند که اعقابشان نسل در نسل از مجتهدینِ بنامِ حوزه‌ها بوده‌اند، ازدواج نمود و
ثمرۀ این وصلت مبارک سه فرزند پسر: جناب حجةالاسلام والمسلمین حاج سید حسن خمینی و جناب حجةالاسلام حاج سید یاسر خمینی و آقای سید علی خمینی می‌باشند. این عزیزان نور چشمان حضرت امام و مورد مهر و عطوفت آن حضرت بوده‌اند و مطمئناً دعای خیر امام خمینی و پدر نامداری همچون حاج احمدآقا و مادر فداکارشان بدرقه راه پرمسئولیت آنان است و بحمدالله آثار استعداد درخشان و پیشرفتهای علمی و تلاش موفقشان در کسب فضائل انسانیو اخلاقی این عزیزان در سیمایشان که یادآور سیمای جذاب معنوی حضرت امام می‌باشد هویداست و گویی که خدای متعال تقدیر کرده است تا مشعلی را که امام خمینی با یک عمر مجاهده و تلاش در این خاندان محترم افروخته است
باید همچنان نورافشانی کند. خداوند را بر این نعمت سپاس می‌گوییم. امیدواریم که فرزند برومند آن عزیز سفر کرده، حضرت حجةالاسلام حاج سید حسن خمینی که اینک در جایگاه خطیر وصایت پدر نشسته است با تأییدات الهی و دعای خیر امت وفادار به امام موفق گردد تا همچون پدر بزرگوارش از نام مطهّر «خمینی» و آثار و ارزشهایی که او بنیان نهاده است به شایستگی تمام پاسداری کند. خدایش یاور و نگهدار باد.