علی مطهری در مورد حوادث آبان 98 و اعتراضات پس از افزایش قیمت بنزین گفت: من چند ساعت قبل از اجرای این تصمیم از آن خبردار شدم. یکی از مقامات به من گفت قرار است ساعت 12 شب قیمت جدید بنزین اعلام شود. شوکه شدم. گفتم چرا قبلا اطلاع ندادید و حتما اعتراض می‌شود. ایشان بسیار خونسرد بود و می‌گفت پیش‌بینی کرده‌ایم که 150 پمپ بنزین را آتش بزنند. گفتم مگر این میزان کم است؟
علی مطهری داوطلب کاندیداتوری در انتخابات 1400 می گوید: حجاب در کشور ما در مجموع وضع مطلوبی دارد و مسئله کشور نیست، بعضی به آن دامن می‌زنند. اکثریت قاطع خانم‌ها و آقایان از روی اعتقاد رعایت می‌کنند، آن‌هایی هم که به طور کامل رعایت نمی‌کنند، حکومت کاری به آن‌ها ندارد. ممکن است عده بسیار قلیلی باشند که معتقدند باید اینجا مثل اروپا شود که افراد بتوانند نیمه عریان در جامعه ظاهر شوند. بدیهی است که دولت اسلامی چنین اجازه‌ای نمی‌دهد.
علی مطهری می گوید: نظامی‌ها به نظر من باید یا قبل از ثبت نام استعفا بدهند و سپس ثبت نام کنند یا اگر رای آوردند استعفا بدهند و کاملا از آن نهادی که در آن مشغول فعالیت بودند خارج شوند. نباید در حالیکه نظامی هستند رئیس جمهور باشند. همچنین با حضور روحانیون در انتخابات ریاست جمهوری مخالف هستم زیرا روحانیون بهتر است پست اجرایی دولتی نگیرند مگر در شرایط اضطراری و در حال حاضر اضطراری وجود ندارد و بهتر است رئیس جمهور، روحانی نباشد.
نایب رئیس مجلس دهم گفت: قطع رابطه ما با آمریکا به نفع اسرائیل است. ما باید توازنی در رابطه با غرب و شرق درست کنیم. باید میان اروپا و آمریکا از یک طرف و چین و روسیه از طرف دیگر توازن برقرار کنیم.
علی مطهری در گفت و گو با مهدی نصیری می گوید: من معتقدم که الزام اجباری که به این شکل امروز هست که در واقع یک الزام واقعی نیست و خیلی افراد خیلی خانم ها شاید مثلا ۵۰ درصد حجاب را رعایت می کنند این نمی تواند مضر حال جامعه باشد و بعد بگوییم که بهتر بود که این هم نبود و بگوییم اگر نبود مثلا بهتر می شد ولی اینطور نیست که بگوییم اگر هیچ نظارتی نباشد مردم کاملا آزاد باشند شرایط مثلا بهتر می شود.
علی مطهری نماینده ادوار مجلس گفت: درباره ریاست جمهوری آینده به نظر من زود است که بخواهیم اظهارنظر کنیم. باید دید تحولات ماههای آینده چگونه خواهد بود. با نظام پارلمانی هم موافق نیستم. با نظام پارلمانی با این وضع انتخابات مجلس فضا خیلی بسته می‌شود. رئیس جمهور را هم مجلس تعیین می‌کند. نقش مردم خیلی کمرنگ می‌شود. به نظر من نظام پارلمانی صلاح نیست. الآن تا حدی فرصتی است برای مردم که بیایند در انتخابات ریاست جمهوری حرف خودشان را بزنند، نگاه خودشان را نشان بدهند