دبیرکل جمعیت دفاع از ملت فلسطین در پیامی به مناسبت شهادت شهید فخری زاده، گفت: انتظار ملت ایران آن است که مسئولین سیاسی و امنیتی کشور نسبت به اقدامات تروریستی دشمن با پاسخ قدرتمند از عزت این ملت در عرصه های علمی و امنیتی صیانت کنند.
فرمانده پیشین نیروی دریایی سپاه پاسداران و استاد دانشگاه امام حسین(ع) در خصوص ترور دکتر فخری زاده نوشت: «صرف نظر از اهداف اسرائیل از انجام اینگونه ترورها، باید دید چه ضعفی در ساختار و ساز و کارهای دستگاه های امنیتی ایران وجود دارد که علیرغم محتمل بودن ترور افرادی مانند شهید فخری زاده و پیش بینی محافظ برای آنها باز هم عملیات اسرائیل موفق می شود!»
ترور محسن فخری زاده تایید شد. وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح با انتشار بیانیه ای ترور رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع را تایید کرد.