تجزیه و تحلیل مستندات و اطلاعات مذکور حاکی از عدم رعایت سرعت مجاز در سیر قطار مسافری در محل سانحه، انسداد غیرمجاز مسیر حرکت قطار مسافری توسط بیل مکانیکی و عدم رعایت مقررات ایمنی در محل عملیات تعویض تراورس به عنوان عامل اصلی وقوع سانحه است.
روزنامه اطلاعات نوشت: اینک وقت آن رسیده است که هم دورترین نقاط در دایرة امنیت را مد نظر قرار دهیم و هم سطوح نزدیک‌تر را به دقت ملاحظه و رصد کنیم، زیرا امنیت زندگی و امنیت مالی و امنیت حیاتی مردم، اگر تهدید شود، صدمات آن غیرقابل جبران خواهد بود. مرگ مردم و از بین رفتن حاصل عمر و زحماتشان، هراس و عدم اطمینان از ایاب و ذهاب، نظیر سانحه پریروز در هواپیمای مشهد، یا قطار مشهد ـ یزد، امنیت حیاتی و روانی و اعتماد عموم مردم را خدشه‌دار خواهد کرد.
در حادثه خروج قطار مشهد – یزد از ریل، متاسفانه ۱۴ نفر از هموطنان جان خود را از دست دادند که از این تعداد یک نفر در شهرستان طبس (محل وقوع حادثه) شناسایی و تحویل بستگان شد اما مابقی پیکرها برای تعیین هویت به پزشکی قانونی یزد انتقال یافتند.
طبق توضیحات مدیرعامل راه آهن، علت اصلی سانحه ریلی «مانع شدن بیل مکانیکی» و «سرعت غیرمجاز» لوکوموتیوران بوده است.
با توجه به اینکه برخی از اجساد با روش‌های معمول قابل شناسایی نیستند، انجام فرایند تعیین هویت به انجام آزمایش ژنتیک منوط شد که تا این لحظه ضمن اخذ نمونه از پیکر ۵ متوفای تعیین هویت نشده، از بستگان سه تن از این عزیزان برای تطابق ژنتیکی نمونه DNA اخذ شده است و کار اخذ نمونه ژنتیک از بازماندگان دو پیکر دیگر به مجرد مراجعه این عزیزان انجام خواهد شد.
حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی با تسلیت جان باختن تعدادی از هموطنان در فاجعه قطار مشهد - یزد، نوشت: دوستان و متصدیان باید با عزمی راسخ در همه حوزه ها سعی در بالا بردن سطح ایمنی سفرها داشته باشند. و بستر لازم را برای نوسازی و بهسازی شبکه حمل و نقل کشور آماده کنند.
حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی در پیامی با تسلیت فاجعه قطار مشهد-یزد نوشت: می‌گویند حادثه خبر نمی‌کند، ولی مارا چه شده است که باید هر بام و شام خبر از حادثه‌ای وحشتناک بشنویم که حاصل تلخ آن از دست رفتن جان‌ها و آسیب دیدن جسم‌ها و روان‌ها و خسارت‌های فراوان است. اگر دلسوزی توأم با تدبیر در راه بردن امور جامعه باشد از تعداد این حادثه‌های هول انگیز و زیان های مادی و معنوی آن کاسته نخواهد شد؟
وحیدی وزیر کشور که برای رسیدگی به وضعیت مصدومان حادثه قطار مسافری مشهد-یزد به طبس سفر کرده است، عصر چهارشنبه با حضور در بیمارستان طبس، از مصدومان این حادثه عیادت کرد.