رژیم بعث عراق به امام هشدار دادند به دلیل روابطشان با رژیم ایران نمی توانند فعالیت های ایشان را تحمل کنند و امام هم که خود را در برابر مردم ایران مسئول می دانستند، فرمودند: من هم در برابر اسلام و ملت ایران مسئولم و باید به وظیفۀ الهی و معنوی خود عمل کنم و به این ترتیب از عراق هجرت کردند که مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینی روایتی متفاوت و دقیق از این ماجرا بیان کرده اند.
مرحوم حاج احمدآقا خمینی در گفت و گویی که در تابستان سال ۱۳۷۰ با روزنامه جمهوری اسلامی داشت، به بیان شیرین ترین و تلخ ترین خاطره از ایام دفاع مقدس پرداخت.
امام در نامه ای که در سوم شهریور ماه سال ۵۳ به حاج احمد آقا نوشتند، مسائلی را متذکر شدند.
امام خمینی در نامه ای که در سال ۵۵ از نجف به حاج احمدآقا نوشتند پرسش هایی را درباره مسائل خانواده مطرح کردند.
سطح بسیار بالا و کم سابقه حاضران در این جلسه و اسامی شخصیتهای بزرگی که ذیل صورتجلسه را امضا کرده اند و ذکر جزئیات مراحل تحویل نسخه وصیتنامه در این صورت جلسه بیانگر اهمیت سندی است که در این جلسه به امانت سپرده شده است.
سید مرتضی نبوی گفت:در آن ایام افراد معاند و منافقی بودند که سعی می کردند مواضع امام را به حاج احمد آقا نسبت دهند و می گفتند ایشان به امام خط می دهد. در حالی که به هیچ عنوان چنین چیزی صحت نداشت. خود من با توجه به ارتباطات نزدیکی که در دوره وزارت و روزنامه با ایشان داشتم، احساس می کردم که حاج احمد آقا فدایی امام است. ایشان کاملاً امین و مورد وثوق پدر بود و بدون نظر ایشان کاری انجام نمی داد و موضعی نمی گرفت.
