سران نظام از روحانی خواسته بودند در مذاکره با سه وزیر اروپایی از آن‌ها قول بگیرد که مانع از ارجاع پرونده هسته‌ای به شورای امنیت شوند. قفل باز شد؛ محمد خاتمی، رئیس‌جمهور ایران در مصاحبه‌ای مطبوعاتی گفت که ایران تعلیق را می‌پذیرد؛ موضعی که روحانی درباره‌اش گفت: «تعلیق را که رئیس‌جمهور اعلام کرده، من دیگر قرار است بر سر چه موضوعی مذاکره کنم؟!»
در اولین جلسه سران نظام که پس از قطعنامه سپتامبر آژانس بین‌المللی انرژی تشکیل شد (۹ مهر ۱۳۸۲)، دکتر روحانی جمع‌بندی مباحث کمیته عالی هسته‌ای را ارائه کرد. در آن جلسه کمال خرازی، وزیر خارجه گفت که این مسئله با روند فعلی به حل‌وفصل نمی‌رسد و ادامه آن کشور را دچار مشکل می‌کند؛ بنابراین باید یک نفر با اختیار تام مسئولیت این پرونده را بر عهده گیرد. او سپس حسن روحانی را برای این کار پیشنهاد داد. سیدمحمد خاتمی، رئیس‌جمهور و اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام و دیگر حاضران در جلسه هم این پیشنهاد را تایید کردند؛ اما روحانی نپذیرفت.
