در دوران بیماری حضرت امام (س) بسیاری از پزشکان پیشنهاد می‌کردند که امام برای مداوا به خارج از کشور رفته و از دانش پزشکان خارجی بهره بگیرند. این پیشنهاد به دلایل گوناگونی با مخالفت امام خمینی (س) مواجه می شد.
حضرت امام خمینی (س) در سن 81 سالگی در تاریخ 13 خرداد سال 1368 بر اثر ابتلا به سرطان معده از دنیا رفتند. پیکر ایشان با سه روز تأخیر در شانزدهم خرداد به خاک سپرده شد.
شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی کشور ضمن گرامیداشت ۱۴ و ۱۵ خرداد یاد و خاطره بنیانگذار فقید جمهوری اسلامی ایران، امام خمینی (رضوان الله تعالی علیه) و بزرگداشت یاد شهدای پانزده خرداد، اعلام کرد امسال این دو مراسم با شکوه خاصی با رعایت دستورالعمل‌های بهداشتی در سراسر کشور و در مراکز استان‌ها و ۹۰۰ شهر برگزار خواهد شد.
وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در بیانیه ای با گرامیداشت فرارسیدن ۱۴ و ۱۵ خرداد ماه تاکید کرد: «حضرت امام خمینی (ره) با پی ریزی حکومت مبتنی بر اسلام و برانداختن نظام منحط و منحوس سلطنتی، تحولات شگرفی را فراتر از جغرافیای ایران در سطح منطقه و بلکه در فراسوی آن رقم زدند به گونه‌ای که پس از این انقلاب شکوهمند و تحول گرا قرن جدید، قرن سقوط و افول ابرقدرت نما و قرن اوج مجدد اسلام ناب محمدی ( ص ) شد.»
رییس یازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی ضمن تسلیت سالروز امام خمینی (ره) گفت: برای غلبه بر مشکلات راهی جز حرکت بر مدار خداباوری، مردم‌باوری و باور راسخ به این‌که ما می‌توانیم نداریم.