در خاطرات مرحوم حاج احمد خمینی از ایام بیماری امام درباره بازی حجت الاسلام سید علی خمینی - که آن روزها کودکی خردسال بود - با امام اینگونه آمده است: چیزی که این روزهای آخر اتّفاق افتاد که واقعا برای همه ما تعجب آور بود، این بود که آقا می گفتند: علی پیش من نیاید.
در بخشی از خاطرات مرحوم حاج احمد آقا درباره آخرین ساعات حیات دنیوی امام آمده است: آقا هیچ کار دیگری انجام نمی دادند، فقط نماز می خواندند. من رفتم داخل اتاق، دیدم دارند نماز می خوانند. همان طور که خوابیده بودند، با آن فشار سرشان را بالا می آوردند به عنوان رکوع و بعد دوباره برای سجود. من هر چه کردم با آقا حرف بزنم، دلم نیامد آن فضای معنوی را به هم بزنم. بعد فقط یک کمی به ایشان نگاه کردم و از اتاق آمدم بیرون. ساعت سه بعدازظهر حالشان بد شد که دستگاهها شروع کرد به کار و ساعت ده شب هم ایشان فوت کردند.
حاج احمد خمینی درباره بوسه ای ماندگار که امام پیش از رفتن به بیمارستان بر گونه ایشان زدند، اینگونه نقل خاطره می کند: شبی که امام به بیمارستان می رفتند تا فردا صبح عمل کنند، من دیدم امام به طرف من می آیند. خیال کردم ایشان با من کاری دارند و نزدیک رفتم. به محض اینکه به ایشان رسیدم، امام گونه من را بوسیدند و به من گفتند: خداحافظ و رفتند داخل بیمارستان.
حاج احمد خمینی در بخشی از خاطرات خود درباره بیماری امام می گوید: یادم هست حضرت امام، آن موقع کارهای سیاسی داشتند که انجام می دادند. آخرین حکمی که ایشان دادند؛ هفت، هشت ساعت قبل از عمل بود. حکم راجع به یک موضوع قضایی بود که به آقای موسوی اردبیلی دادند و آقای رئیسی و آقای نیری را مامور پی گیری موضوعی کردند.
دکتر زالی تشخیص داده بود که بیماری امام سرطان است و حاج احمد آقا که امام را نه به عنوان پدر که مراد خود می دانستند باید با شنیدن این خبر بسیار بد خودشان را حفظ می کردند چرا که امام به ایشان گفته بودند اگر قضیه ای پیش آمد، تو مواظب باش هیچ کاری که دلیل ضعف باشد، انجام ندهی.