اول آبان ماه سال ۵۶ بود. خبری دهان به دهان میان کوچه پس کوچه های نجف تکثیر می شد. خبر این بود: پسر حاج آقا روح الله از دنیا رفته است. وجودش را تاب نیاورده بودند و او را به شهادت رسانده بودند.
استاد غلامحسین ابراهیمی دینانی از شاگردان برجسته امام و علامه طباطبایی در فلسفه به حضور حاج آقا مصطفی در کلاس های درس آیت الله محقق داماد و امام اشاره و خاطره شیرینی را نقل کرده است.
زیارت جامعه کبیره، فشرده ای از عقاید و امام شناسی در مکتب اهل بیت است؛ از این رو آن را «مرام نامه شیعه» یا «منشور ولایت» نامیده اند. در این زیارت نامه که با شهادت به یگانگی خدا و سلام بر پیامبر(صل الله علیه و آله) آغاز شده، سپس بیش از ۲۰۰ فضیلت برای اهل بیت، مانند گنجینه علم و حکمت الهی، نگهبان اسرار خداوندی، حامل کتاب خدا و جانشین او بیان شده است.
رزاق کریمی، کارگردان مستند «بانو قدس ایران» گفت: ما به سادگی داخل بیت امام نشدیم، کلی زمان برد تا به شخصیت‌ها نزدیک شویم و صحبت کنیم. پرسیدند قصد شما چیست؟ گفتم اندرونی و صحبت با منسوبین درجه یک. مثال آوردم. گفتم وقتی پدر یا مادری داخل اتاق عمل است و سؤال مهمی پیش می‌آید پزشک سراغ منسوبین درجه یک می‌رود و از آنها می‌پرسد که می‌توانم ادامه عمل را انجام بدهم؟ 5، 6 نفر بیرون اتاق عمل هستند و یک نفر به صورت سمبلیک می‌گوید اجازه بدهید از خانواده بپرسم و بعد پاسخ می‌دهد که بله، عمل را انجام بدهید. منسوبین درجه یک خیلی مهم بودند. به آنها اطمینان دادم که به دنبال جنجال نیستم و قرار نیست سیاسیون حرف بزنند.
حجت الاسلام والمسلمین علی کمساری رئیس مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره) تصریح کرد: حضرت امام (ره) در سخنرانی که در ۱۰ آبان ۱۳۵۶ در نجف انجام دادند، در گذشت حاج آقا مصطفی را از الطاف خفیه الهی دانستند و ایشان را امید آینده اسلام خواندند. این لطف خفیه الهی بودن، را می توان از این جهت مورد توجه قرار داد که درگذشت ایشان موجب تشدید مبارزات مردم بر علیه حکومت پهلوی و تحکیم انقلاب و موجب وحدت و یکپارچگی در میان گروه های مخالف حکومت پهلوی شد و این امر باعث خاموش نشدن آتش اعتراضات مردمی علیه رژیم منحط پهلوی در جای جای کشور به بهانه هفتم و چهلم آقا مصطفی در کشور می شد.
حاج آقا مصطفی خمینی علاقه شدیدی به ساحت مقدس ائمه اطهار علیهم السلام داشت و تبعیدش به عراق بهترین فرصت برای این ابراز ارادت بود.
حاج علی ثقفی برادر همسر امام خمینی (س) می گوید: یک زمانی آقا (امام) به من فرمودند من هر چه دارم از خانم دارم. این را بارها بیان می کردند. گفته بودم آقا این طور می گویند چقدرش تعارف است؟ خانم گفتند هیچ چیزیش تعارف نیست؛ همه درست است. هر چه آقا دارد از من دارد. اگر از روز اول نمی خواستم باایشان سازش کنم، مشکل در رفت و آمد و درس خواندن و مبارزات و مدتی که در هجرت و تبعید بود و ایجاد می کردم ایشان نمی توانست به اینجاها برسد.
آن روزهایی که امام در ترکیه در تبعید به سر می بردند، ماموران ترک به ایشان علاقه مند شده بودند و گاهی که امام و حاج آقا مصطفی با هم به مباحثه می نشستند، صدای بحثشان بالا می گرفت و...
چهاردهم دی ماه سال ۴۳ بود که رژیم شاه که ترفندهایش در زندانی و سپس آزاد کردن حاج آقا مصطفی خمینی را کارساز ندید و نتوانست وجود ایشان را تحمل کند، دست به تبعید وی زد و او را راهی ترکیه کرد.
در نوزدهم آبان ماه سال ۴۳ امام خمینی در دو نامه جداگانه که یکی مربوط به وکالت و وصایت و دیگری سفارش درباره اعضای خانواده بود، برای حاج آقا مصطفی خمینی مطالبی نوشتند.