انتقاد مسیح مهاجری از بودجه حوزه ها: امام خمینی زیر بار پول گرفتن حوزه علمیه از دولت نرفت به دلیل اینکه می‌خواست استقلال حوزه حفظ شود/ وقتی مردم در فقر دست و پا می زنند، حوزه های علمیه نباید از بودجه عمومی تغذیه کنند
مسیح مهاجری یادآور شد: امام خمینی که زیر بار پول گرفتن حوزه علمیه از دولت نرفت به همین دلیل بود که می‌خواست استقلال حوزه حفظ شود. مرحومان حضرات آیات فاضل لنکرانی و صافی گلپایگانی هم بشدت با وابسته شدن حوزه از طریق دریافت پول از دولت مخالفت می‌کردند و در میان مراجع کنونی هم کم نیستند بزرگانی که بر همین اعتقادند و داشتن ردیف بودجه در بودجه کل کشور را برای حوزه زیانبار و منافی استقلال روحانیت می‌دانند.
