آیت‌الله جلالی‌خمینی به‌واسطه پدر بزرگوارشان با امام خمینی آشنا شده و از محضر ایشان کسب فیض کردند. آن مرحوم در مبارزات نهضت اسلامی نیز پیشگام بوده و خاطرات جالبی از آن روزها دارد.
حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی در پیامی درگذشت آیت الله حیدر علی جلالی خمینی را تسلیت گفت.
آیت الله جلالی خمینی به دیار باقی شتافت. آن مرحوم از نمایندگان امام خمینی در حج، در سال ۱۳۶۰ بود.