آیت‌الله جعفر سبحانی در پیامی شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای(رضوان‌الله‌تعالی‌علیه) را به پیشگاه حضرت بقیة‌الله الأعظم(عجل الله تعالی فرجه الشریف)، امت اسلامی و علمای اعلام و مراجع عظام تسلیت گفتند.
به گزارش جماران، متن پیام آیت‌الله جعفر سبحانی به شرح زیر است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
إِنّا لِلّهِ وَإِنّا إِلَیهِ راجِعُونَ
«إِنَّمَا الحَیاةُ عَقیدَةٌ وَجِهاد»
خبر شهادت مظلومانه رهبر جمهوری اسلامی ایران حضرت آیت‌الله خامنه‌ای قدس‌سره و نیز شهادت جمعی از فرماندهان سپاه و ارتش و کشتار تعدای از هموطنان مظلوم، به‌ویژه زنان و کودکان بی‌دفاع، موجی از اندوه و تأثر در میان امت اسلامی، بویژه ملت شریف ایران، بوجود آورد.
اینجانب این حادثه جانگداز و مؤلمه را به پیشگاه حضرت ولی‌عصر عجل‌الله تعالی فرجه الشریف، عموم امت اسلامی، به‌ویژه علمای اعلام و مراجع عظام، و بالأخص خانواده‌های محترم شهدا تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال، برای آنان علوّ درجات، رحمت واسعه و رضوان الهی مسئلت داریم.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مصداق راستین این کلام بود که «إنما الحیاة عقیدة و جهاد»؛ از دوران جوانی تا واپسین لحظات عمر شریف خویش، با قلم و بیان و جان و دل، در راه تبیین تعالیم اسلام و مدیریت حکیمانه کشور تلاش نمود تا روزی که در ماه مبارک رمضان، به فیض عظیم شهادت نائل آمد و مهمان جدّ بزرگوارش، مولای متقیان امام علی (ع) گردید.
از خداوند متعال مسألت داریم که خون پاک این مظلومان را بی‌پاسخ نگذارد و انتقام آنان را از دشمنان خبیث و منحوس و ددمنش بگیرد، و از ملت بزرگ ایران خواهانیم انسجام و وحدت کلمه را حفظ کنند خدای متعال حافظ این کشور و این نظام است. وَالسَّلامُ عَلَیکم وَرَحمَةُ اللهِ وَبَرَکاتُهُ.