به گزارش خبرنگار جی پلاس، مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینی در نامه ای کوتاه خطاب به امام، از تهمت هایی - که گاهی برخی به وی نسبت می دادند و طوری مساله را عنوان می کردند که گویا ایشان در پیغام یا گفتار امام دخالتی کرده است - سخن به میان آورده که امام در سوم آذر ماه سال ۶۳ به این دردنامه کوتاه فرزندشان پاسخ داده و وی را از هر تهمتی بری دانسته و بر صداقتشان شهادت داده اند.
متن نامه حاج احمدآقا و امام در ادامه آمده است:
گلایه نامه حاج احمد خمینی خطاب به امام
"[بسم اللّه الرحمن الرحیم. از آنجا که همیشه واسطه بین حضرتعالی و مسئولین و غیرمسئولین در امور سیاسی اینجانب می باشد و از آنجا که گاهی دستورات حضرتعالی با خطوط فکری بعضی از دست‌اندرکاران و یا گروه ها و افراد عادی برخورد جدی دارد، تحلیل ها و تفسیرها شروع می گردد و بعضی ها اینگونه تشکیک می کنند که مثلاً خبر واحد است و یا معلوم نیست و از این قبیل. آیا چه قبل و چه بعد از انقلاب حتی کلمه ای بر آنچه فرموده بودید اضافه و یا کم کرده ام؟ و یا نعوذ باللّه مطلبی را به حضرت عالی به دروغ نسبت داده ام؟ و یا خدای نخواسته عمدی بر خلاف رضای حضرت عالی کاری انجام داده ام؟ ارادتمند، احمد خمینی]
مُهر تایید امام بر امانتداری حاج احمد خمینی
بسمه تعالی
من شهادت می دهم که احمد فرزند اینجانب از موقعی که در مسائل روز وارد شده است و تماس با کارهای اینجانب داشته است تا حال تحریر این کلمات از او خلاف دستورات اینجانب مشاهده نکرده ام و در اعلامیه ها و امثال آنها تصرفی بدون رضای من نکرده است و چیزی بر خلاف گفته های من به من نسبت نداده است و بالجمله خلافی از او مشاهده نکردم. لکن باید احمد بداند کسانی خصوصاً مثل او که در این امور اجتماعی یا سیاسی وارد می شوند، مصون از افترا و ضربه نیستند و باید او حساب خود را با خدای قادر متعال درست کند و به ذات مقدسش اتکال نماید و از بشر ضعیف هراس نداشته باشد که مکاید بشری چون خود بشر زودگذر و فانی است و همه به سوی او ـ جل و علا ـ خواهیم رفت و اکنون نیز در محضر مبارک او هستیم. والسلام علی من اتبع الهدی. از خداوند تعالی توفیق خدمت به خلق برای همه دست اندرکاران و برای منسوبان به خود خواستارم.
تاریخ سلخ صفر 1405 ـ روح‌اللّه الموسوی الخمینی"