امام خمینی(س) ۳ آبان ۱۳۴۴ به مناسبت ورودشان از تبعید ترکیه به عراق در پاسخ آیت الله مرعشی نجفی مرقوم فرموده اند: حقاً باید از مساعی جمیله ملت محترم ایران و حضرات مراجع و علمای اعلام و افاضل گرام حوزه‌های مقدسه علمیه، خصوصاً حوزه مقدسه قم، تشکر کنم و از خداوند تعالی عظمت و عزت همه را خواستار شوم.
به گزارش جماران، متن نامه امام به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
حضرت آیت الله، آقای آقا نجفی - دامت برکاته
به عرض عالی می‌رساند، مرقوم محترم به وسیله آقازاده محترم - أیّده الله تعالی - واصل و موجب تشکر گردید. سلامت و سعادت جنابعالی را از خداوند تعالی خواستار است.
حقاً باید از مساعی جمیله ملت محترم ایران و حضرات مراجع و علمای اعلام و افاضل گرام حوزه‌های مقدسه علمیه، خصوصاً حوزه مقدسه قم، تشکر کنم و از خداوند تعالی عظمت و عزت همه را خواستار شوم. تشرف حقیر به اعتاب مقدسه گرچه فوزی است عظیم، چه از لحاظ زیارت اعتاب مقدسه ائمه اسلام- علیهم الصلوة والسلام- و چه از لحاظ تشرف به حضور حضرات مراجع عظام و علمای اعلام و افاضل گرام حوزه علمیه نجف اشرف و کربلای معلّا و دیگر اعتاب مقدسه، لکن اهمیت موقف در ایران ایجاب می‌کند که در صورت رفع منع از خدمتگزار به ملت محترم و استقلال مملکت، به اسرع وقت مراجعت نموده در غم و شادی ملت محترم ایران - عموماً - و حضرات اعلام - خصوصاً - شریک باشم. امید است که حضرات فضلای عظام و مشتغلین حوزه‌های مقدسه علمیه، خصوصاً حوزه قم، کما فی السابق به تحصیل علوم دینیه و ترویج دیانت مقدسه ادامه دهند و هیچ گونه تزلزلی به خود راه ندهند. از خداوند تعالی توفیق و تأیید آنها و عظمت اسلام و مسلمین را خواستارم.
از جنابعالی، در مظانّ استجابت دعوات، امید دعای خیر برای حُسن عاقبت خواستار است. والسلام علیکم و رحمة الله. 29 جمادى الثانى 85- روح اللَّه الموسوی الخمینى (صحیفه امام، ج2، ص 2)
